崙尾教會在民國三十六年創建(現今的草港教會)，因為當時教友眾多，故決議崙尾區教友回到崙尾地區聚會，所以在民國五十四年和草港教會(而崙尾教會定名為草港教會)而崙尾區教友回崙尾區成立崙尾教會，兩教會正式分開。

草港教會在民國五十五年重修，並於六十七年因教會需求，於東邊搭建遮雨棚及宗教教育教室。

民國七十五年時，韋恩颱風將會堂屋頂吹掀，所以75-79年進行規畫與整建，並於民國80年獻堂，呈現如今的模樣。

組織架構

1.教牧股：教牧股管理教牧侍奉事宜。
2.宣道股：宣道股管理宣牧事宜。
3.事務股：掌理庶務。
4.資訊股：掌理文書、印信、信徒會籍。
5.教育股：教育股掌理宗教教育侍奉。
6.出納股：掌理現金出納及相關事宜。
7.會計股：掌理預算、結算之編纂及其他相關帳目之處理